На Ольхоне были уничтожены уникальные многовековые лиственницы, корни этих знаменитых ходульных деревьев туристы используют на дрова.
Орнитологи установили, что на острове резко сократилась популяция редких видов птиц, гнездованию которых мешают автомобили и квадроциклы. Разрушает рельеф Ольхона и глубокие рвы, оставленные транспортом.
Учёные заявляют, что остров нужно закрыть для путешественников с личным транспортом. На этой территории допустимы только экологические виды туризма, если мы хотим сохранить его уникальную флору и фауну. Их поддерживает Росприроднадзор, предлагая дополнительно включить в состав Прибайкальского национального парка всю территорию острова Ольхон. Этот вопрос будет рассмотрен в Министерстве природных ресурсов и экологии РФ в ближайшее время.
По сообщению Управления Росприроднадзора по Иркутской области, некогда сельскохозяйственный Ольхонский район с учетом уникальности его местоположения сегодня ориентирован на развитие организации туризма и отдыха. В связи с отсутствием установленных границ земель сельскохозяйственного назначения, включенных в состав национального парка без изъятия их из хозяйственной эксплуатации, право собственности на них не разграничено, поэтому администрация Ольхонского района данные земельные участки выделяет под застройку туристическими объектами, при этом строительство ведется хаотически. В результате возникают споры по использованию этих земель между парком, администрацией района и представителями турбизнеса. Кроме того, в связи с вводом в эксплуатацию второго парома «Ольхон» рекреационная нагрузка на экосистему острова в своем пике достигает до 180 – 200 машин в день. По данным научного отдела Прибайкальского национального парка, количество перевозимого на остров автотранспорта за летний сезон 2010 г. составило более 30 тыс. автомашин. Специалисты отмечают, что столь масштабное развитие туризма является основной причиной усиливающегося обеднения природы.
Прибайкальский национальный парк был создан на территории Иркутской области в 1986 году. Под его размещение выделено 418 тыс. га земель, из них 170 тыс. га находятся в границах лесоохотничьего хозяйства, 136 тыс. га – земли гослесфонда, 112 тыс. га - сельскохозяйственный земли без изъятия из хозяйственной деятельности. Тогда же Иркутскому облисполкому, совместно с Министерством лесного хозяйства РСФСР, Госагропромом РСФСР и другими заинтересованными министерствами и ведомствами предписывалось уточнить границы национального парка. Однако работы в данном направлении ведутся лишь на уровне совещаний и создания рабочих групп, а практического решения данного вопроса нет по настоящее время, - подчеркнуто в докладе.