Концепция федеральной целевой программы «Охрана озера Байкал и социально-экономическое развитие Байкальской природной территории на 2012-2020 годы» была утверждена в конце 2011 года, предполагается, что она начнёт работать с нынешнего года, но до сих пор этого не произошло, хотя в федеральный бюджет-2012 были заранее заложены средства на её реализацию.
Всего за девять лет предполагается из различных источников потратить 58 млрд 158,5 млн рублей, в том числе из федерального бюджета – 48 млрд 381,1 млн рублей, из бюджетов Иркутской области, Бурятии и Забайкальского края – 8 млрд 374,9 млн.
Из них на капитальные вложения – 40 млрд 332,2 млн рублей, научно-исследовательские работы – 469,5 млн рублей. По первому направлению расходов планируется строительство и ввод в эксплуатацию нового научно-исследовательского судна на Байкале, приобретение помещений (750 кв. м) для межрегионального центра экологического мониторинга Байкала.
Предполагается провести модернизацию системы экологического мониторинга в Байкальском регионе, оснастить химико-аналитические лаборатории, ввести в действие стационарные автоматизированные посты контроля за загрязнением воды, оснастить стационарные посты наблюдений за состоянием атмосферного воздух.
На сохранение и воспроизводство биологических ресурсов Байкальской природной территории предполагается потратить 960,9 млн рублей. В частности, провести достоверную оценку численности популяции нерпы, изучить биологические характеристики популяции байкальской нерпы по половому и возрастному принципу, с учётом беременных самок и приплода байкальской нерпы по всей акватории озера. Последний полный учёт численности нерпы был проведён в 1997 году.
Чтобы снизить поступления загрязнённых вод, планируется строительство комплексов очистных сооружений, а также модернизация и реконструкция объектов коммунальной инфраструктуры.