У подножия Крестовой горы вскоре после основания Иркутска был установлен крест, отметивший место будущего храма. К середине 18-го столетия Иркутск стал настолько богатым городом, что по праву оспаривал у Тобольска звание сибирской столицы. Здесь даже возникла местная архитектурная школа. Она разрабатывала одно из направлений сибирского барокко. Венцом сибирского барокко в столице Восточной Сибирри стала Крестовоздвиженская церковь - одна из красивейших церквей Сибири.
Крестовоздвиженская церковь должна была бы быть главным символом Иркутска. Неоднократно в искусствоведческой литературе встречался с мнением, что эта церковь - самый яркий образец сибирского культового зодчества.
О храмах, подобных Крестовоздвиженской церкви, академик И. Грабарь писал - «Виртуозность отделки храма при сравнительно скудных средствах поистине изумительна. Обтесывая и укладывая кирпич и впрямь и вкось, вытесывая колонки и балясы.и устраивая хитро сплетенные карнизы, зодчие достигали поразительного эффекта, когда кирпичные узоры давали впечатление богатых тканей и хитро вытканных ковров». «Хитро вытканный ковер» представляют собой и стены Крестовоздвиженской церкви, где, по словам И. Грабаря, «наивное сочетание отголосков Москвы и Украины причудливо сплелось в густой узорчатый ковер, с своеобразным привкусом соседнего Востока».
Первая деревянная церковь на месте нынешнего здания была сооружена в 1718 году. Храм освящал сибирский митрополит Филофей Лещинский. Каменную церковь, вместо древней деревянной, на Крестовской горе заложили на средства иркутского посадского Амосова. Она строилась 11 лет. С 1747 по 1758 год было сооружено основное здание храма. Уже в 1774 – 1779 годах к нему пристроили северный придел.
Только спустя 100 лет, в 1860 году, к храму пристроили паперть. Прежде на этом месте стояло высокое каменное крыльцо. До 1950 года в церкви сохранялись уникальные слюдяные оконницы, но после их заменили на обыкновенное стекло. Церковь окружает изящная ограда, оформленная в стиле барокко.
Интерес к необычной церкви исследователи проявили еще в позапрошлом веке. В 1887 году Императорская Археологическая комиссия включила Крестовоздвиженскую церковь в Свод памятников отечественной старины. Тогда же протоиерей Можаров составил метрику на церковь, как на памятник архитектуры.
Каменное кружево покрывает стены храма. Известный русский искусствовед Лукомский восхищенно писал: «Плетение, как кружево, стелящееся по карнизу, вдоль столбов, между окнами, составляющее обрамление этих окон, у цоколя — покрывает всю церковь, перекрытую барочными, очень странного силуэта куполами. Лишь церкви Соликамски да Сольвычегодска могут сравняться с этим храмом по богатству фантазии и прелести выполнения узорчатых деталей». В каменном убранстве Крестовоздвиженской церкви присутствуют монгольские мотивы — воистину, «своеобразный привкус соседнего Востока!».
Крестовоздвиженская церковь - одна из самых первых барочных построек Иркутска. Она стала образцом для подражания. Ее можно назвать «золотым фондом», из которого мастера черпали сюжеты для других храмов. Мотивы убранства Крестовоздвиженской церкви можно встретить на стенах собора Посольского Спасо-Преображенского монастыря на Байкале, а также в других, более поздних по времени церквах Иркутска.
В интерьере храма находятся три иконостаса: главный и два придельных. Главный иконостас был сооружен в 18-м столетии. Он единственный в своем роде. Его покрывает мелкая орнаментальная резьба, которая создает эффект, известный под названием «золотая кожа». Из 650 икон, находящихся в церкви, 400 признано художественно ценными. Большинство их относится к XVIII веку, хотя есть и несколько старинных икон 17-го столетия.
В первые годы советской власти признавалась уникальная ценность Крестовоздвиженской церкви. Она была поставлена на учет как памятник архитектуры высшей категории (постановление Иркутского губ исполкома от 1925 года). Но уже в 1933 году постановлением ВСКИК от 26 февраля было решено закрыть Крестовоздвиженскую церковь, а в здании устроить антирелигиозный музей.
Богослужение в храме было прекращено в 1936 году. Тогда же с колокольни сняли колокола, самый старый из которых был отлит в 1753 году.
В 1943 году церковное здание вернули верующим. С 1948 году, согласно постановлению СМ РСФСР, церковь охраняется государством, а в 1960 году она с окружающими строениями объявлена памятником федерального значения. С 1986 по 1995 года в Крестовоздвиженской церкви проводились реставрационные работы: была снята поздняя окраска и восстановлена историческая красно-белая.
Удачное расположение храма на возвышенности у пересечения главных улиц города обеспечивает цельное восприятие памятника среди старинной деревянной застройки. Даже сейчас церковь остается одной из главных доминант центра города.