Театр кукол появился в Иркутске в 1935 году. 8 января 1935 года на базе ТРАМа (ныне - ТЮЗ) актерами Московского «Театра детской книги» им. А.Б.Халатова, гастролировавшего в Иркутске, был организован Восточно-Сибирский театр кукол и марионеток. В день открытия была показана премьера спектакля «Еж, Петрушка и две обезьяны». Позднее театр был переименован в Иркутский областной театр кукол.
В течение 52 лет театр не имел стационарной сцены. Актеры театра колесили по просторам Байкальского региона, возили своих кукол на телегах, сплавлялись с ними по рекам на плотах. Коллектив исколесил всю область, выезжал на гастроли в Красноярский край, в города Западной Сибири и Дальнего Востока, добрался до зрителей Якутии и Сахалина, участвовал в региональных фестивалях кукольных театров, выезжал на гастроли за рубеж - в Германию.
Даже в годы Великой Отечественной войны театр не прекратил интенсивной гастрольной деятельности: за один только 1941 год сыграно 425 спектаклей и обслужено 85321 зрителей.
Начав свою работу с маленьких одноактных пьес и инсценировок, театр, постоянно совершенствуясь, перешел к более сложным постановкам. Гоголь и Пушкин, Толстой и Родари, Чехов и Бажов, Гайдар и Маляревский заняли достойное место в репертуаре театра. В последние годы и этот ряд пополнился новыми именами авторов: Я.Экхольм, В.Рабадан, Л.Устинов, М.Сергеев, К.Машаду, С.Седов, Э.Рауд, Д.Биссет...
Неоднократно коллектив награждался Почетными грамотами Министерства культуры России и Союза. В 1982 году за высокий художественный уровень спектаклей театр стал лауреатом премии Иркутского комсомола им.Иосифа Уткина.
В 1987 году театр обрел свой дом. Им стал отреставрированный кинотеатр «Мир» и, как символ детства, имя «Аистенок». В здании потребовалась основательная реконструкция – переустройство зрительного зала и помещений.
Заслуженный деятель искусств РФ Людвиг Устинов, чьё имя прославлено по стране как «второго Образцова» давал консультации по устройству здания, и это сотрудничество переросло в любовь к Иркутскому театру кукол и желание работать в нашем городе. Людвиг Устинов был приглашен на должность главного режиссера, вместе «обживали» здание, ставили новые постановки. Многие спектакли, поставленные Устиновым, составляют «золотой фонд» репертуара. Среди них такие спектакли, как «Приключения Дружка», «Машенька и медведь» и другие. Но, перестав быть разъездным, коллектив театра не забывает о детях области и использует каждую возможность для организации гастролей, участвует в фестивалях театров кукол Сибири и Дальнего Востока. Театр - лауреат фестиваля театров кукол в городе Москве в 1958 году и 1-го Международного фестиваля театров кукол в Москве в 2001 году, а также обладатель премии Иркутского комсомола им. Иосифа Уткина.
Сегодняшний репертуар - это и спектакли по мотивам русских сказок («Колобок», «Машенька и Медведь», «Морозко», «Три медведя»), и сказки современных авторов («Чудо-репка», «Чудеса в животе», «Сказки для тигра», «Гнездо» и др.). Есть у театра спектакль-долгожитель «Сладкий родник» по пьесе дагестанского писателя А.Абу-Бакара. Около 800 раз он был показан зрителям - премьера его состоялась в декабре 1982 года, а он до сих пор не сходит с афиш.
коллектив театра «не варится» лишь «в собственном соку», - в работе над постановками принимают участие сотрудники других театров – режиссеры, художники, актеры. В частности в одном из самых популярных спектакле для взрослых «Любовь и три апельсина» по трагикомической сказке Гоцци роль всемогущего мага играет народный артист России Владимир Яковлев.
Нередко сцена Иркутского театра кукол «Аистенок» становится творческой экспериментальной площадкой. Так свои премьерные спектакли здесь играли и показывали народные артисты РФ Виталий Венгер и Тамара Панасюк, Олег Мокшанов, начинающий, но уже ставший довольно известным, режиссер Иван Вырупаев.
На базе театра действует и творческая площадка для детских коллективов – это клуб воскресных встреч «У нас в гостях», куда с выступлениями для зрителей приглашаются различные детские концертные и театральные объединения. С 2005 года под руководством заслуженного работника культуры РФ Арнольда Берковича в театре работает клуб юных театральных критиков. На занятиях клуба специалисты кафедры культурологии Иркутского государственного технического университета прививают ребятам навыки анализа спектаклей с учетом специфики театра кукол, пишет .
2010 год для «Аистенка» юбилейный. 75-й сезон открылся этой осенью в иркутском театре. Чтобы поздравить коллег, в столицу Приангарья съехались артисты театров из других городов. Здесь прошел фестиваль театров кукол Сибири и Дальнего Востока «Аистаюшки – 2010». Он посвящен юбилею театра.
Театры кукол из Благовещенска, Омска, Новосибирска, Братска, Кемерово, Новокузнецка и Улан-Удэ дали девять спектаклей за три дня в честь юбилея «Аистенка».
Гости отметили иркутский театр: не каждый город может гордиться таким.
75-тысячный сертификат на материнский капитал вручили в Приангарье 
Фестиваль «4 стихии под небом Иркутска!» пройдет 8 июля 
...Когда ждать «Сатирикон» в Иркутске? 
Какой иркутский спектакль покажут на федеральном канале?